Clase I: Sirve para determinar glucoproteinas de membrana que aparecen en casi todas las celulas nucleadas y sirven para presentar antigenos peptidicos de celulas propias alteradas a los linfocitos T (Ayuda a que este tejido avanse a traves de la inclusion de péptidos).
Clase II: Determinar Glicoproteinas de membrana que solo se expresan en celulas presentadoras de antigenos (Macrofagos y Celulas linfocitos B) sirven para presentar antigenos peptidicos o linfocitos T colaboradores (detectar, reconocer o desechar la presencia de agentes patogenos).

Estos sistemas de marcadores unicos poseen proteinas de la clase I y II, son marcadores de lo propio y de lo extraño, esto quiere decir que un transplante de riñon vale mucho.
En cuanto a la clase II se encarga de vigilar que los agentes invasivos y patogenos (como los virus, bacterias, parasitos o hongos), lo que sea que haya tumbado la barrera que tenemos para defendernos, nos referimos a la piel, lagrimas y secreciones fluidas, lo que representa la primera linea de defensa de nuestro organismo en contra de estos agentes externos, ya dentro del organismo se encuentran con las celulas B (Linfocitos que producen anticuerpos) y Celulas T (Linfocitos cooperadores) que se encargan de hacer lineas de defensa para destruir esos elementos.

